Mobiliář poutního kostela
Kostel bylo nutné vybavit již pro jeho zasvěcení, které se událo v roce 1722. Při této příležitosti se však ještě slavnost musela uspokojit s provizorním vybavením a posléze se přikročilo k postupnému dovybavení stálým mobiliářem. Oltář jako ústřední a nejdůležitější součást vybavení navrhoval architekt Santini sám. Pozadí oltáře je tvořeno bohatě zdobeným a řaseným baldachýnem na garnýži. Ústřední sochou je socha sv. Jana Nepomuckého, stojícího na zeměkouli a opticky stoupajícího vzhůru. Pět osmicípých cisterciáckých hvězd na zeměkouli představuje 5 kontinentů, na kterých bylo šířeno křesťanství. Zeměkoule je obklopena třemi anděly, kompozičně rozmístěnými do tvaru písmene V, další dva stejně velcí andělé po stranách odhrnují baldachýn, který tvoří pozadí celého výjevu. Nad světcovou hlavou byla ještě umístěna trojice malých andílků, z nichž jeden drží v ruce klíč a druhý pečetítko, což můžeme znovu chápat jako odkaz na světcovo mlčení. Boční oltáře jsou zasvěceny čtyřem evangelistům. Matoušovi s knihou, Markovi se lvem, Lukášovi s býkem a Janovi s orlem.
Na hlavním i bočních oltářích, jejichž podkladem byly opět Santiniho návrhy, začal pracovat chrudimský sochař Jan Pavel Czechpauer. Po jeho smrti hlavní oltář dokončil až v roce 1729 sochař Řehoř Theny, jehož dílem je také sochařská výzdoba kazatelny. Stříbrná poutní socha sv. Jana Nepomuckého byla podle Thenyho modelu vyrobena pražským zlatníkem Janem Norbertem Diesbachem.
Ambit okolo chrámu má půdorys deseticípé hvězdy a je prolomen pěti branami. Střechy bran byly původně zdobeny pěti sochami Janových ctností. Dodnes se zachovaly tři z nich, sochy byly ještě doprovázeny štítonoši. V dobových pramenech jsou také zmiňovány zvony, kterých tu mělo být pět. Kdysi bohatá ozdoba štukových obrazců a žeber na klenbách se dochovala jen v mizivém rozsahu. V ambitu se nachází pět kaplí, z nichž jedna je vyzdobena freskami. Této kapli se říkalo kaple německá, protože v ní bývaly slouženy mše v němčině. Ambit byl navržen architektem současně s chrámem, k jeho dokončení však došlo až po roce 1735. To znamená, že se architekt definitivního dokončení tohoto svého díla nedožil, protože Santini zemřel už v roce 1723. Ambit, který je častou součástí poutních míst měl také praktický účel. Sloužil poutníkům, kteří přicházeli na Zelenou horu, ti se mohli v ambitu skrýt před deštěm, dokonce v něm i odpočívali a nocovali. Nádvorní stěny pak při slavnostních příležitostech zdobila řada legendických a symbolických výjevů umístěných v kartuších. Tuhé zimy byly v šedesátých letech 18. století důvodem k mírným úpravám ambitu. Byly zazděny některé portály z chodby do nádvoří a snižovány portály bran a kaplí.
Hřbitov v původních plánech architekta nikdy nefiguroval, nádvoří bylo až do 19. století zatravněné, aby nic nerušilo vnímání centrální svatyně a byl zde dostatečný prostor pro přicházející poutníky. Vlivem pohřbívání zde došlo k nárůstu terénu a „utopení“ ambitu, které poškozovalo i jeho stavební podstatu. Dnes už se na Zelené hoře nepohřbívá a dochází k postupnému vymísťování hrobů na nedaleký nový hřbitov. V roce 2016 bude podána žádost o zrušení hřbitova. Terén bude poté postupně snížen na původní výšku a plocha mezi chrámem a ambitem bude jako v minulosti porostlá pouze trávníkem.